Der südliche Teil des Parks besteht aus einer großflächigen, in 800 Meter Höhe gelegenen Hochebene. Der östliche Teil liegt etwas höher (zwischen 1000 und 1200 Meter) und verfügt über weite Prärien und abgrundtiefe Schluchten. Er endet an einem für die Region typischen Felssteilhang und grenzt an ein sich am Ufer des Menamaty erstreckendes Walddorf. Im westlichen Teil befinden sich etwas weniger tiefe Schluchten sowie der Restbestand eines Waldgebiets. Mitten im Park folgen unendlich weite Hoch- und Tiefebenen aufeinander.
Neben den Schluchten und Mondgesteinen trifft man im Isalo-Park auch auf Höhlen, Wasserfälle, natürliche Schwimmbecken… und man kann eine Flora von über 400 Pflanzenarten, darunter eine endemische Palme, die dank eines ihr eigenen Anpassungssystems der Trockenheit widersteht, bewundern. Auch die Fauna ist sehr vielseitig.