Obwohl Masoala vom Rest der Insel isoliert ist, zählt die Halbinsel mehr als die Hälfte der vorhandenen Arten, die im Land entdeckt werden können, was sie zu einem echten natürlichen Refugium macht. Um diese Arten vor dem Druck zu schützen, unter dem die Wälder stehen, insbesondere vor Brandrodung und illegalem Holzeinschlag wertvoller Hölzer, haben die madagassischen Behörden auf der Halbinsel das größte Naturschutzgebiet von Madagaskar geschaffen: den Nationalpark von Masoala.
Mit einer Fläche von 240.000 ha, bilden der Nationalpark Masaola und das Naturschutzgebiet der Insel Nosy Mangabe eine Gruppe spektakulärer Formationen. Mangroven, Regenwälder und Korallenriffe sind eine Zufluchtsstätte für eine große Anzahl an Vögeln (102 Arten) und Lemuren (10 Arten), aber auch für erstaunliche Pflanzenarten, wie fleischfressende Kannenpflanzen.